北京同仁堂中医大师工作室是北京同仁堂集团根据国务院关于“扶持和促进中医药事业发展”的精神，为促进中医药学术继承创新，弘扬同仁堂中医药文化，维护和增辉国家级非物质文化遗产“同仁堂”品牌，于2010年3月创建。
截至日前，北京同仁堂集团先后于2009年、2011年和2015年、2021年分四批先后命名了52名“北京同仁堂中医大师”，其中38名出自本院提名。这些大师由国家中医药管理局命名的“国医大师”、“全国名中医”、“全国老中医药专家学术经验继承工作指导老师”及确有秘技绝招的著名民间医生组成。构成了医院开展医疗、教学、科研的优质资源。
大师工作室共拍摄了中医大师系列专题片11部。出版《北京同仁堂中医大师诊籍》和《北京同仁堂中医大师临床传薪录》两本专著，记录了29位中医大师112个典型医案，是师授徒承的最好见证。先后举办了18期名老中医药专家学术经验专题培训班。
北京同仁堂中医大师工作室开展师承工作，为同仁堂中医院及系统内各医疗单位培养了一批中青年中医骨干。
先后共有66人次参与各级各类师承，其中本院53人次，外院13人次，有52人次学员以优异成绩结业；
其中3名学员入选国家中医药管理局“第五批全国老中医药专家学术经验继承工作”，并通过论文答辩拿到了博士学位；
3名学员入选国家中医药管理局“第六批全国老中医药专家学术经验继承工作”，已经顺利结业；
1名同志入选北京市“第四批老中医药专家学术经验继承工作”；
5名同志入选北京市“第六批老中医药专家学术经验继承工作”；
1名学员入选北京市中医管理局北京中医药传承“双百工程”；
3名学员入选京津冀中医、中西医结合“晨曦60”计划；
1名学员入选北京中医管理局“仲景国医传人”精英班；
17名学员晋升了高一级专业技术职称；学员以第一作者身份发表论文46篇，其中发表于ISSN杂志的论文17篇，结题及在研科研课题6项。
